Хүнс, хөдөө аж ахуйн газрын үйл ажиллагааны эрхэм зорилго нь салбарын бодлогыг оновчтой хэрэгжүүлэх замаар эрчимжсэн мал аж ахуй, газар тариаланг дэмжих, түүхий эдийн нөөцийг зохистой ашиглах, үйлдвэрлэл, үйлчилгээний орлого, бүтээмжийг өсгөж, өрсөлдөх чадварыг дээшлүүлэн эдийн засгийн өсөлтийг нэмэгдүүлж, хүн амыг эрүүл, баталгаат, шим тэжээллэг хүнсээр хангах нөхцөлийг бүрдүүлэхэд оршино.
Стратегийн зорилт-1:
Захиргааны удирдлагаар хангах, бүтцийн дотоод зохицуулалт, үйлчилгээг эрхлэх, байгууллагын хүний нөөцийн бодлогыг төлөвлөх, хэрэгжүүлэх, салбарын хууль тогтоомж, тогтоол шийдвэр, бодлогын баримт бичгийн хэрэгжилтийг хангах;
Стратегийн зорилт-2:
Мал аж ахуй, газар тариалан, хүнсний болон хөнгөн, жижиг, дунд үйлдвэр, үйлчилгээ, хоршоо, худалдааны салбарын хууль тогтоомж, тогтоол, шийдвэр, урт, дунд, богино хугацааны бодлогын баримт бичгийн хэрэгжилт, хэрэглэгчдийг мэдээ, мэдээллээр хангах;
Стратегийн зорилт-3:
Мал аж ахуйн үйлдвэрлэлийн бодлого болон малын генетик нөөцийг бүртгэх, төлөв байдлыг тодорхойлох, хадгалах, хамгаалах, тогтвортой ашиглах, судлан хөгжүүлэх, мал, амьтны гаралтай түүхий эд, бүтээгдэхүүнийг сайжруулах;
Стратегийн зорилт-4:
Газар тариалангийн үйлдвэрлэлийн бодлого болон хөрс, ургамал хамгаалал, үр сортын шинэчлэлийн хэрэгжилтийг зохион байгуулах;
Стратегийн зорилт-5:
Хөнгөн болон жижиг дунд үйлдвэр, хоршоо, ахуйн үйлчилгээний бодлогын хэрэгжилтийг зохион байгуулах;
Стратегийн зорилт-6:
Хүнс, хоол үйлдвэрлэл, худалдааны бодлогын хэрэгжилтийг зохион байгуулах;
Стратегийн зорилт-7:
Мал аж ахуй, газар тариалан, хүнсний салбарын үйлдвэрлэл, худалдаа, үйлчилгээнд хүнсний аюулгүй байдлыг хангуулж, хяналт, шалгалт хийх, хуулийн хэрэгжилтийг хангуулах
Стратегийн зорилт-8:
Төсвийн шууд захирагчийн эдийн засаг, санхүүгийн үйл ажиллагаа, худалдан авах ажиллагааг зохион байгуулах, мэдээллийн ил тод байдлыг хангах;